, THEIR algoritmasının uygulanmasının bizim uygulamamız olduğuna dair bir not eklemeniz önerilir

Kesinlikle evet. Bu, deneyiniz için önemli bir bağlam sağlar ve bu nedenle okuyucu için değerli bilgilerdir.

Daha da iyisi, algoritmalarını uygulamanızı herkese açık hale getirebilirsiniz, böylece gelecekteki yazar grupları aynı şeyle karşılaşmaz sizin yaptığınız gibi (ve makalenize atıfta bulunacağız).

kodlarını öğrenmek için onlara ulaştığımızı ve reddettiler mi?

İşte bu sorulacak daha hassas soru. Durumu doğru bir şekilde temsil edeceğinden, bunu yapmak kesinlikle meşru olacaktır. Ancak böyle bir ifadenin sosyal bir sonucu vardır, bu da yazarların biraz olumsuz bir ışık altında görünmeleridir (belki de haklı olarak). Dikkatli ilerleyin.

Bir yazılım mühendisi olarak karşıt görüş vereceğim.

Kaynak kodu bir algoritma değildir. Bu, umarım amaçladıkları algoritma olan ve umarım doğru performans gösteren bir şeyin "tozlu ayna" versiyonu. Yazılım bir yazılımdır ve kodlayıcılar insan olduğundan, bu "umarım" parçaların beklendiği gibi olmayabileceği birçok yol vardır. Algılanan iyileştirmenin, uygulamanın istenmeyen bir özelliğinden kaynaklanması ve / veya algılanan iyileştirmenin, başka yerlerde zararlı etkileri olan bir uygulama değiş tokuşunun bir sonucu olması bile mümkündür (muhtemel olmasa da).

Genel bilim terimlerinde, algoritma test ettiğiniz hipotezdir; ve kaynak kodu, laboratuvar cam eşyalarınız, devre kartlarınız, interferometreniz veya hipotezi test etmek için kullanacağınız diğer ekipmanlardır. Bilimin genel bir ilkesi, sonuçların yeniden üretiminin bağımsız olması gerektiğidir. Bu, aynı reaktif şişeleriyle aynı cam eşya üzerinde aynı testleri körü körüne çalıştıracak ikinci bir kişiye sahip olmadığınız anlamına gelir - bunun yerine tamamen ayrı bir ekip, bunları doğrulamak için ilk prensiplerden elde edilen bu sonuçları yeniden üretir. Bir hipotezin bağımsız test edilmesi, bunu yalnızca bir hipotezden sağlam bir teoriye taşıyan şeydir.

Algoritmayı bağımsız olarak uygulayarak, orijinal sonuçları yeniden üretmede hayati bir bilimsel rol oynadınız. Orijinal yazarlar size basitçe kaynak kodunu vermiş olsaydı, algoritmanın yeniden üretilmesi ve test edilmesi olmazdı. Size kaynak kodunu vermişlerse, kağıdın fotokopisini "sonuçlarını çoğaltmak" olarak sayabilirsiniz. :)

Son teknolojiyle ilerlemek istiyorsunuz ve bu harika - bu, alanınızda hırslı olduğunuzu gösteriyor. Ancak buna "teori" diyebilmek için bir hipotezi bağımsız olarak doğrulamak zaman kaybı değildir ve bu temeli yerine getirmek için yavaşlamak, "bilim" bölümü ise sizi kötü bir tat bırakacak bir şey değildir. bilgisayar bilimi "gerçektir. Aksi takdirde bilim yapmıyorsun, hack yapıyorsun; kendi açısından değerlidir, ancak bilim değildir.

Yapabilirsin ve belki de, eğer mümkünse akademik kodların paylaşılması gerektiğini düşündüğünü açıklığa kavuşturmak için yapmalısın. Pek çok bilim insanı, kodların paylaşılmasının, araştırmayı kopyalamayı ve ayrıca hataları bulmayı kolaylaştırdığı için daha iyi bilime yol açtığı konusunda hemfikirdir.

Aynı zamanda, herkes böyle hissetmez ve siz de buldunuz bu fikirden biri. Açık yazılıma inanıyorsanız, onları "geri kalmış" ve "başkalarının bulgularını kopyalamasını kolaylaştırmaya isteksiz" olarak kamuya açıklamak etik olarak yapılacak doğru şey olabilir, ancak aynı zamanda onları yanlış yoldan ovalayıp yaratabilir " "kötü tat" ifadenizi kullanmak için ağızlarında.

Soru şu: Prensipte ne kadar ısrar etmek istiyorsunuz ve meslektaşlarınızdan birini potansiyel olarak ne kadar yabancılaştırmak istiyorsunuz? Bu soru büyük olasılıkla size ve kariyerlerinizin neresinde olduklarına bağlıdır.

Tavsiyem, durumdan olduğu gibi en iyi şekilde yararlanmanızdır: Makaledeki açıklamadan uygun bir kopya yaptınız (kodlarını "sadece" çalıştırmanın aksine) ve iddialarını doğruladınız. Bunu şu şekilde yayınlayın: bu uygun bilimsel çalışmadır.

Kendi çıkarınız için, bu kopyayı tamamen kendi özgür iradenizle yapmadığınızı söylemeyeceğim.

TLDR:

Kodu paylaşmamanın (TM) hoş olmadığını tamamen kabul ediyorum (ayrıca aşağıya bakın).

Açıkladığınız şeye göre, kodun bu şekilde bulunmaması, kodun sizin için mevcut olandan daha fazla bilimsel ilerlemeye yol açmıştır:
Aşağıda açıklanan algoritmayı sıfırdan uygulayarak iddialarını doğruladınız kodlarına erişimi olmayan kağıtları. Bunu makalenizde açıklamak bilimsel olarak önemlidir çünkü bu, bilgisayarlarınızda "yalnızca" kodlarını çalıştırmaya kıyasla bir sonraki daha yüksek düzeyde yeniden üretim sağladığınız anlamına gelir: ayrıca, kağıtta açıklamanın olduğunu da doğruladınız iddiaları yeniden üretmek için yeterlidir.

IMHO, birçok alanda tekrarlanabilirlik krizimiz olduğu için bu özellikle önemlidir.

Kod paylaşmak, alanımda tekrarlanabilirlik olarak adlandırılabilecek şeye yardımcı olur (analitik kimya), ancak bir çalışmanın / makalenin kopyalanması veya kopyalanması bundan daha fazlasıdır.

Evet, kod paylaşımı güzeldir, çünkü çoğaltmak istemeyenler için pek çok işten tasarruf sağlar, genellikle hangi hesaplamaların yapıldığını açık bir şekilde açıklamanın en kolay yoludur ve ayrıca çok faydalıdır okuyucu tarafından yanlış anlamaların takibinde. Yine de, kod paylaşımı, herkesin (veya çok fazla kişinin) düzgün çoğaltma / çoğaltmaya harcanan çabayı atlamasına yol açarsa, ters etki yaratabilir. yeniden üretilebilirlik krizi.

Dolayısıyla, biraz parçalanmış durumdayım:

• Kod paylaşmamaları hoş değil.
• Uygulamayı yalnızca , kod mevcut olmadığı için sıfırdan yaptığınızı söylemek, aynı zamanda, bir seçeneğiniz varsa, kendi tarafınızdan o kağıdı daha kapsamlı bir şekilde doğrulamayı atlayacağınızı kabul etmek anlamına da gelir. Ayrıca hoş değil.

İdeal durum, OP'nin grubunun makaleyi tam olarak doğrulamış olması ve makale yazarlarının koduna erişim sağlaması olabilirdi.

Kişisel olarak, bu makalenin çoğaltılmasıyla uğraşmak için bilimsel olmayan herhangi bir nedene değinmiyorum.

Burada idealden daha düşük davranışları belirtmek için (bilimsel ilerleme için) "hoş değil" ifadesini kullanıyorum ama aynı zamanda açıkça izin verilen davranış aralığı içinde. Açık olmak gerekirse, kimseyi başka grupların çalışmalarını yeniden üretmeye zorlamak istemiyorum. Aynı zamanda, tüm gruplar bu tür bir "ev ödevi" yapmayı reddederse, çoğaltma krizi riski artar.

Bilimsel açıdan kesinlikle sorunlu olduğunu düşündüğüm paylaşmama seviyeleri vardır. bakış açısı:

• Uygun çabalarınız iddiaları yeniden üretemez ve yazarlar size rehberlik etmeyi reddederler (ister kodu paylaşarak ister kodunuza bakarak ve size neyin farklı yapılması gerektiğini söyleyerek)
• Makalede kodu paylaşacaklarını iddia ediyorlar veya dergi yönergeleri paylaşacaklarını şart koşuyor ama reddediyorlar.

Şimdiye kadar soru değil bu noktalardan herhangi birinin geçerli olduğunu belirtin.

Anonim Fizikçinin cevabına uymak için: Bir araştırma enstitüsünde çalışıyordum, burada resmi hattın ne kodun ne de verilerin kağıtla birlikte yayınlanmadığı ("makul talep üzerine mevcuttur" resmi ifadeydi) - sadece araştırma kodumu göstermekle kalmayıp aynı zamanda açık bir lisans altına koymayı da isterdim hiç önemli değildi.
Bu nedenle, söz konusu makalenin yazarı olsaydım, resmi idari izin olmadan size kodu veremeyeceğime dair kibar bir yanıt alırdınız ve bu konuda direktörle iletişime geçebilir misiniz? Bununla birlikte, enstitülerin, kodu paylaşmayla ilgili olarak iletişime geçilen kişilere, üst yönetime daha fazla iş getirmeden negatif yanıt vermesi gerektiğini belirttiğini kolayca hayal edebiliyorum ...

Bu deneyimden: Yazarları kodu göndermedikleri için eleştirirseniz, lütfen suçu doğru kişilere yüklediğinizden emin olun.

Yazarların neden reddettiğini bilmeden, diğer yazarların "iyi" mi yoksa "yaramaz" mı olduğunu söylemek biraz zor.

Kod paylaşımı söz konusu olduğunda bazı yasal ve kurumsal tuzaklar var. Örnek olarak, üniversite somut araştırma çıktısının patentlenebilir malzeme içerip içermediğini kontrol etme hakkına sahip olabilir. Bu kontrol devam ediyorsa yazarların kodlarını paylaşmaları yasaklanmış olabilir.

Mümkünse bu etkileşime olumsuz bir ışık tutmaktan kaçınmanızı öneririm. Yine de okuyucunun kendi uygulamanızı yazdığınızı bilmesi önemlidir. Ayrıca, gözden geçiren için de önemlidir, çünkü gözden geçiren kişi, onu iyi uygulamadığınız için diğer yaklaşımın gereksiz yere kötü göründüğünü düşünebilir.

Çoğu makalenin eki ile birlikte yayınlanmayacak kağıdın geri kalanı. İnceleyenler için, kodu sizinle paylaşmanın bilinmeyen bir nedenle reddedildiğini, böylece kendi sürümünüzü uygulamanız gerektiğini belirten bir not ekleyebilirsiniz. Makalenin ana bölümünde, diğer yaklaşımın orijinal uygulamasını neden kullanmadığınızı belirtmek isterseniz, mevcut olmadığını, dolayısıyla kendi sürümünüzü uyguladınız ve emin önemli optimizasyonları kaçırmamak için her iki uygulamada da benzer özen gösterdiğiniz.

Özellikle çok önemli bir veri kümesinde son teknoloji ürünü olduğunu iddia ediyorlarsa neden kodlarını paylaşmayacaklarını anlamıyorum.

Varsayımsal olarak , telif hakkı yasası kapsamında yasal olarak dağıtılamayan yazılımlar yapılabilir.

Bir kitabım varsa üzerine notlar yazabilir ve istediğim tüm bölümleri kesebilirim - ama yapabilirim t Değiştirilmiş kitabımın kopyalarını dağıtmak. Benzer şekilde, telif hakkıyla korunan bir Matlab kitaplığını yazarların tahmin etmediği bir şekilde genişletmek istersem, ondan kopyalayıp yapıştırabilir ve kendi kullanımım için istediğim kadar değiştirebilirim - ancak dağıtamam sonuçta türev çalışma .

İyi niyete sahip olmak istiyorsanız, onlar adına benzer iyi huylu nedenler olduğunu varsayabilirsiniz.

Elbette, bir alaycı yazarların mümkün olduğunca çok sayıda makaleyi bir çalışmadan ayırdıkları için ödüllendirildiğini ve açık bir şekilde devam eden makaleler varsa (bariz ince ayarlar veya diğer veri kümelerinde testler gibi) siz bu kağıtları yazana kadar kodu yayınlamayın ödeme yöneticilerinin ödüllendirdiği davranış.

Verilen bilgilerle özgün yazarların motivasyonunu değerlendirmek mümkün değildir. Sık sık açık kaynak bilimsel kod yayıncısı olarak düşünebiliyorum.

1. Kodlarından daha fazla yayın yapmak istedikleri için kimsenin sonuçlarını kendi kodlarını kullanarak kopyalamasını istemiyorlardı (kesinlikle hoş değil, ama daha önce görüldü).
2. Kodları başkalarının kullanabileceği bir durumda değildi (PhD-ware) ve onu temizlemek için insan gücüne sahip değiller.
3. Tescilli kitaplıklardan yararlanırlar veya kodu paylaşmalarına izin vermeyerek dahili lisans sorunları yaşarlar.
4. Kaçınılmaz teknik destek sorunlarından rahatsız olmak istemezler, bu, başkalarına kod sağlamakla birlikte gelir.

Ve liste devam ettirilebilir.

Yalnızca eldeki bilgilere göre hareket edebilirsiniz, yani şu anda kod açık bir biçimde mevcut değildir. Neyse ki, sonuçları yeniden üretebildiniz ve artık makalenizle birlikte kendi uygulamanızı yayınlamakta özgürsünüz, bu da kullanıcıları makalenizin yanı sıra orijinal makalenize de atıfta bulunmaya teşvik ediyor. Sonuçta, önemli bir bilimsel çalışma yaptınız ve şimdi kredilendirilmesi gerekiyor.

Makalenizde müstehcen olmanıza gerek yok. Başkalarının yapmadıklarını değil, yaptığınız şeyleri yazın. Şunları not edebilirsiniz:

Bu makalede ana hatları verilen uygulama, yazar A'nın ref. [A]. Mevcut uygulama, daha fazla bağımsız doğrulamaya izin verecek şekilde XX'den elde edilebilir.

Araştırmanızın konusu açık kaynaklı yazılım olmadığı sürece, dergi makaleniz meslektaşlarınızı kaynak kodlarını yayınlamadıkları için eleştirmek için doğru yer değildir. Dergi makaleleri ve konferans bildirileri, meslektaşlarınız hakkındaki görüşlerinizle değil, oluşturduğunuz bilgilerle ilgili olmalıdır.

Herhangi bir mekanda meslektaşlarınızı eleştirmeden önce, kaynağı yayınlamanın onlar için makul bir seçenek olup olmadığını düşünmelisiniz. Bilmediğiniz yasal kısıtlamalar veya çok uygunsuz bir idari süreç olabilir.

Akran değerlendirmesi, şeffaflığı teşvik etmek için harika bir zamandır.

Yazarların sorulduğunda kod örnekleri vermeyi reddettiğinden bahsetmek doğru mu?

Bilgisayar biliminin bir alt alanında çalışıyorum. Belirli bir veri setinde son teknoloji performansa ulaştığını iddia eden saygın bir konferansta yayınlanan yeni bir makale (2020) vardı.

Birkaç sorun var.

FWIW, Fransa'da yarı akademik araştırma mühendisiyim ve Bismon (bir GPLv3 +) geliştirdiğim bir siber güvenlik laboratuvarında CEA LIST 'te çalışıyorum iki H2020 projesi tarafından finanse edilen yazılım: CHARIOT ve DECODER ve bu taslak raporda açıklanan)

• Makalede açıklanan çalışma nasıl finanse edildi? Finansman kurumu askeriyse (ör. DARPA) finansman sözleşmeleri akademik yayınlar gerektirebilir ancak kodun veya veri setinin herhangi bir şekilde yayınlanmasına izin vermeyin. Ufuk2020 finansmanı bile verilerin yayınlanmasını yasaklayabilir veya verileri veya kodu yayınlamak için izin almak, genellikle herhangi bir akademisyen için sıkıcı olan çok sayıda bürokrasi çalışması gerektirebilir.

• Bu veri kümesinin sahibi kimdir ve nasıl finanse edildi? Veri kümesinin toplanması zorsa (biyolojik verileri, örneğin Covid19 ile ilgili verileri veya nükleer endüstri ile ilgili verileri düşünün) erişilemiyor

• Gizlilik sorunları veya kişisel veri sorunları var mı? Bu durumda GDPR gibi düzenlemeler alakalı

• Hem veriler hem de kod örnekleri için hangi yasal sistem ve telif hakkı geçerlidir? Jean Tirole 'leri de okuyun çalışmaları, özellikle Josh Lerner ile basit açık kaynak ekonomisi konulu makalesi. Shoshana Zuboff kitaplarının ve makalelerinin (örneğin, Big Other: Surveillance Capitalism and the Prospects of an Information Civilization ) da alakalı olduğuna dikkat edin.

• veri kümesi veya kod, gelecekteki araştırma hibeleri için bir varlık olabilir.

Akademinin küçük bir dünya olduğuna dikkat edin ( Ershov numarası ve daha da önemlisi Erdös numarası hakkında da okuyun). Resmi bir yazılı makalede bazı yazarların kod örnekleri vermeyi reddettiğinden bahsetmek geri tepebilir ve belki önümüzdeki birkaç yıl içinde akademik kariyerinizi olumsuz etkileyebilir. Yaygın uygulama ikidir: size kod ve veri sağlayan kişi ve kurumları teşekkür bölümlerinde belirtin.

Kodu veya veri setini yayınlamak daha önce ve açıkça araştırmada belirtilmemişse, çalışmayı finanse eden hibeler , muhtemelen kolayca alamayabilirsiniz. Yazmaya katkıda bulunduğum araştırma hibe tekliflerinin çoğunda bu tür şeylerden (en azından dipnotlarda) bahsetme alışkanlığım oldu.

Kişisel deneyimimle, profesyonel bağlamda bazı kodları açık olarak yayınlamak için izin alarak kaynak veya açık veri olarak bazı veri kümeleri çok sıkıcı ve streslidir (ve çalışma başladıktan sonra neredeyse imkansızdır). Bunları araştırma önerilerinde ve bağışlarda yazılı olarak belirtmelisiniz.

bedava öğle yemeği diye bir şey yoktur

Ayrıca şunlara bakın slaytlar ve RefPerSys projesi. Şimdiye kadar, buradaki temel sorun finansman.

Avrupa'da, ITEA3 ve BDVA ve HorizonEurope ilginç olabilir kişiler. Karşılığını kendi yerinizde bulmalısınız.

Ağzınızdaki kötü tadı takdir ediyorum, ancak lütfen kendinizi çıkmazlar ve kazalar ağındaki bir metodolojinin saf bir sonucu olarak araştırmayla ilgilenen bir okuyucunun yerine koyun.

Algoritmalarının uygulanmasının sizin uygulamanız olduğuna dikkat edin

Evet bekliyorum. Çalışmanızın ne ölçüde orijinal olduğunu ve bildiğiniz her şeyden ne ölçüde farklı olduğunu / ondan aldığını belirtmelisiniz. Bu, herhangi bir bilim insanı tarafından yapılan işe, her ne kadar kemiğe iğrenç olursa olsun, adaleti sağlamak ile ilgilidir.

Ayrıca, odak noktasını konuya kaydırırken,

• çoğaltma arasındaki ayrımları (çizme girişimleri) akılda tutmak yararlı olabilir.
• yeniden üretim”

https: / /plato.stanford.edu/entries/scientific-reproducibility/#ReplRepeReprScieResu sosyal bilimlerdeki yansımalardan ödünç alıyor.

Onlara kodu için ulaştığınıza ve reddettiklerine dikkat edin

Burada kendi çabanızın ve çalışma durumunuzun hakkını vermenin zamanı geldi. Herhangi bir şey olsa bile,

Bu kaynak kod mevcut değil [ bize] (o beyefendi, kişisel iletişim)

Sıfat yok, hiçbir durumda zarf yok. Suç tahsisi yok, sadece gerektiğinde belgelenebilen bir olay. Kod daha sonra kullanılabilir hale gelirse, yanlış iletişim veya kötü zamanlamadır.

Okuyucu, hem kendileri hem de sizin için oyunun durumunu ilerletme çabalarını takdir edecektir.
En azından bir hakem olarak bundan mutlu olurum. Benim iki sentim, düzeltilmekten mutluluk duyuyorum.

Cevaptan önce -sadece başka bir bakış açısı sağlamak için- bazı saçmalıklar.

Deneyimlerimi benzer durumlar için bir "kullanıcı" olarak paylaşabilirim. CS benim alanım değil ve "ciddi bir gelişme" olduğunu iddia eden her bir algoritmayı yeniden yazamam (Spoiler uyarısı: Çoğu değil). Zamanım yok ve kaba kuvvet algoritmaları genellikle benim için çalışıyor. Genelde. Ancak söz konusu algoritmalara erişimim olsaydı (okuyun: gerçek kod), onları kullanırdım ve bu gelecekteki araştırmam için çok büyük bir kolaylaştırıcı olurdu.

Bazı yanıtlar / yorumlar, kabaca şunu belirtir: aynı kod çoğaltma değildir. CS için bu bir dereceye kadar doğru olabilir -Bunu tartışmayacağım bile. Ama burada asıl endişe üreme mi? Kullanılabilirliğe saf algoritma yeniden üretiminden daha çok değer veriyorum.

Biraz "yardım" gerektiren başka alanlar da (benimki, spor bilimleri gibi) var. Yanlış anlamayın, algoritmaya göre söz konusu son teknoloji kodu kendim kodlayabilirim. Ama benim zamanıma değmez. Çünkü yürütme hızı / bellek ayak izinde potansiyel (ve geçmiş deneyimlerimde çok az bir şey) bir gelişme, listemdeki bir sonraki sorunu çözmeye çalışmaktan çok zaten çalışmakta olan kavram kanıtı kodum üzerinde çalışmayı haklı çıkarmaz.

Çeşitli algoritmalar öneren çok sayıda makale var, ancak bunları düzgün bir şekilde açıklama zahmetine bile girmiyor.

Sorunuza dönelim:

Şimdi sorum şu, THEIR algoritmasının uygulanmasının bizim uygulamamız olduğuna ve kodlarını öğrenmek için onlara ulaştığımıza ve reddettiklerine dair bir not eklemeniz önerilir mi?

İlk bölüm için kesinlikle tavsiye edilir, çünkü bu algoritmalarının tamamen körü körüne yeniden üretilmesi ve her iki tarafın araştırmalarına değer katıyor. **

Reddettikleri için: Önerilen algoritmalarının öğle yemeği sohbetinin ürünü olmadığından ve siz bunu yapana kadar gerçek kodda daha önce hiç gerçekleştirilmediğinden nasıl emin olabilirsiniz? İddia edilen performans rakamlarının uydurma olmadığından nasıl emin olabilirsiniz? Araştırmacılara güveniyor musunuz? Ya uygulamanız algoritmanın üstünlüğünü doğrulamadıysa? Yine de yayınlar mısınız yoksa yetkiliye itiraz etmek için mi verirsiniz? Kodlarının algoritmaya ilişkin açıklamalarıyla uyuşup uyuşmadığını kontrol eder misiniz: yani, kollarında hiçbir şey yok mu?

Bu soruların reddedilmesinin kötü bir tat bırakmasının nedeni olduğuna inanıyorum; iş arkadaşınızın 2 haftası değil.

İster bir yayında / sunuda ister çevrenizde, bu bilgiyi herkese açık hale getirmek için bilime borçlu olduğunuzu düşünüyorum. İkincisi, eğer öyleyseniz daha az riskli görünüyor "henüz yerleşmiş" değil.

Kağıttaki şeyin kaynak kodunu sağlayan şey, bu sitede ve başka yerlerde ölesiye tartışıldı, bu yüzden buna fazla girmeyeceğim. Kaynak vermeleri gerektiği ve her halükarda dergiler tarafından talep edilmesi gerektiği konusunda size katılıyorum. Bununla birlikte, şu anda öyle değil. Çalışmalarını yeniden üretmenize yardım etseler güzel olurdu, ama mecbur değiller.

Talimatlarını göründüğü gibi aldığınızda sonuçların olmadığını keşfetmiş olsaydınız, dergi editörüne yazmanız gerekirdi ve bunun sorumluluğu kendi bulgularının meşru olduğunu göstermelerine yardımcı olmak için onlara. Ancak, sizin [arkadaşınızın] yardımları olmadan onu yeniden üretebildiğiniz anlaşılıyor, siz sadece daha kolay olmasını dilerdiniz. Yeterince adil, ancak hayatınızı kolaylaştırmak için kendi yollarından çekilmelerini talep edemezsiniz.

Yazdığınız kodu dağıtmayı düşünüyorsanız, bunda yanlış bir şey yok ve bu çok iyi bir fikir. Yazarların yararsız aptallar olduğunu söyleyen küçük bir manifesto eklemeyeceğim ve siz bunu yazdınız. Bu doğru olsa da ve haklarınız dahilindeyken, sizi kötü gösterecektir. Herhangi bir okuyucunun kafasını karıştırmamak için uygulamanızın bağımsız olduğunu ve orijinal koda dayanmadığını açıklamaya değer, ancak neden paylaşmadıklarını veya kimin hatalı olduğunu incelemeye gerek yok - bunlar, araştırmanın kendisiyle ilgili gerçek. "Bu kod, yazarların kendi uygulamasına erişim olmadan yazılan Smith ve diğerleri 2020'deki algoritmanın bağımsız bir uygulamasıdır" gibi bir şey söyleyebilirsiniz. Bu son parçayı, üzerine koymak istediğiniz bir noktaya göre ne kadar ince ayar yapabilirsiniz. Ancak, yazarların kodu sizinle paylaşmamasını ne kadar sevmediğiniz konusunda bir kez daha ne kadar az şey söylerseniz, (uzun vadede) o kadar iyidir.

Özellikle çok önemli bir veri kümesinde son teknoloji ürünü olduğunu iddia ediyorlarsa, kodlarını neden paylaşmayacaklarını anlamıyorum. Çoğu makale, bir dereceye kadar en son teknolojiyle karşılaştırılmalıdır ve bu nedenle, esasen, bu spesifik alandaki tüm araştırmacıları, kendi araştırmalarını yayınlamadan önce kendi çalışmalarını yeniden oluşturmak için yavaşlatıyorlar.

Hepsi alçakça olmayan pek çok neden olabilir.

• Dergi kod gerektirmiyorsa fazladan çalışmak ve verimsiz olmak demektir.
• Başkalarının bunu kendi bilgisayarlarında nasıl oluşturup çalıştırabileceklerini belgelemelisiniz - bu, fazladan iş gerektirebilecek ve belki de kendi sisteminiz için bir sorun oluşturmayan bir şey.
• Genel olarak kod taşınabilir değilse o kadar yararlı değildir - algoritma zaten taşınabilirken.
• Kodu sağladıkları için sizin için yararlı olacağı anlamına gelmez. Bilmediğin bir dilde olabilir.
• Kod dağınık olabilir ve belki de anlamsız sorular sormak istemiyorlar. Bu şüpheli görünebilir, ancak sizden her bir taslağı ve peçete çizimini sağlamanız istendiğini ve ardından insanlar size, kenar boşluğuna not edilen ve daha sonra her nasılsa terk edilen rastgele düşünceleri açıklamanızı sağladığını düşünün.
• Kodu ne zaman verirseniz her türden insan, bazen işin kendisiyle neredeyse hiç bağlantısı olmayan konularda sizden yardım istemeye başlar. İşinizle ilgili soruları yanıtlamaya hazır olmanız gerekirken, soruları yanıtlamak zaman alır. Dergi gerektirmediyse, neden kendinize ek çalışma yaratasınız?

Elbette, deneycilerin yalnızca kullandıkları kimyasalın adını söylememeleri, tedarikçiye katalog no ve lot numarasını vermeleri (ve aynı artık var olmayan eski kağıtlar, eski kağıtların kodları genellikle çalıştırılamaz olabilir). Ancak günün sonunda, yalnızca sonuçlarınız kullandığınız belirli reaktifin / uygulamanın bir artefaktıysa sorun olur. Protokol herhangi bir reaktifle iyi çalışıyorsa ve algoritmanın doğru şekilde uygulanması zor değilse, bu gerçekten önemli değildir.

Algoritmanın kaynağını kabul edin, minnetle, kodun önceki koda dayalı olmadığını belirtin ve önceki kodun mevcut olmadığından şikayet etmeyin. Başkalarının da belirttiği gibi, size orijinal kodu verecek yasal yetkiden yoksun olabilirler ve her durumda yeni kod, algoritmanın bağımsız onayı olarak işlev görür.

Algoritma sürümünüzü uyguladığınızı açıklığa kavuşturursanız ve ek materyalde veya deneysel ayarınızda (varsa) parametrelerin ayrıntılarını sağlamanız topluluk için çok yararlı olacaktır. Muhtemelen neden diğer algoritmaları uyguladığınızı açıklamanıza gerek yok, okuyucular ne olduğunu tahmin edebilir! Ayrıca uygulamanızı yayınlarsanız, diğerlerinin karşılaştırmaları için zamandan tasarruf etmeleri ve sonuç olarak makalenizin daha görünür hale gelmesi için topluluk için de çok yararlı olacaktır. Bunun araştırmacılar için başkalarının çalışmalarını uygulamak için oldukça zorlu bir mücadele olduğunu ve konferansların (ve hakemlerin) yazarların yalnızca kodu değil, aynı zamanda çalışmanın tekrarlanabilirliğini sağlamak için veri ve parametreler gibi diğer bilgileri de sağladığından emin olmak için daha dikkatli hale geldiğini biliyorum. . Umarım bir gün yayınlarımızın, yaptığımız kod olan çalışmamızın temel sonucunun gerekçesi olarak hizmet ettiği bir noktaya ulaşırız.

Bunun laboratuvar politikaları veya ortaklarıyla ilgisi olabilir. Tıbbi odaklı problemler üzerinde çalışan bir bilgisayar bilimcisiyim, klinik partnerlerimden hiçbiri kodu yayınlamaya uygun değil. Bu tıp çevrelerinde gerçek bir sorun, hatta kendi kodumun bir kopyasına sahip olmamam için kontratım dolduğunda bilgisayarımı silmemi bile istediler. Elbette çoğu gibi, şüphelendiğim gerçek sebep, kodu paylaşmanın onları dezavantajlı duruma düşürdüğünü düşünmeleridir, sadece başkalarının kendi kıyaslamalarını kullanmasını istemezler. Bu, sezgisel görünmese de, sadece benim önsezim. Ancak birçok kişi benim çalışmamı ve deneysel sonuçlarımı kopyalarken hiçbir problem yaşamadı - bu yüzden işi 2 hafta içinde uygulayıp sonuçlarını elde edebildiğiniz gerçeğine göre, onların düzgün bir iş çıkardığını söyleyebilirim (artı daha fazla içgörü kazandınız ve iş). Zaman zaman laboratuvar arkadaşlarımın kodunu kullanarak aynı sonuçları almakta güçlük çekiyordum.

Kişisel düzeyde, yazarlar kodlarını herkese açık hale getirmeselerdi paylaşmakta tereddüt edeceklerini düşünüyorum çünkü bu, tek bir kişi için zaman alıcı olabilecek kodun temizlenmesini vb. gerektirir, dürüst olmak gerekirse bunu ilişkilendirebilirim. Yine de çoğu insan gruplar halinde çalışıyor, bu yüzden kodlarının daha modüler ve daha temiz olmasını beklerdim ya da sadece birisinin üzerinde çalışmasını sağlayabilirdi.

Hayır, uygun değildir ve bu tür bir ifade veya "suçlama" bilimsel bir yayının parçası olmamalıdır. Okuyucuların hiçbiri bu ayrıntıyla ilgilenmez ve bu, makalenizin amacına da hizmet etmez.

Yazarların kaynak kodlarını dağıtmayı reddettiklerini belirtmek yerine, kaynak kodun mevcut olmadığını ve uygulamanın size ait olduğunu söyleyebilirsiniz. Yazar tarafından kırıldığınızı ve misilleme yapmak istediğinizi anlıyorum. Sonuçta, uygulamanızla sonuçlarını doğrulayabilirsiniz, dolayısıyla hiç şüpheniz kalmaz. Öyleyse neden tek amacı diğer yazarların itibarına zarar vermek olan bilimsel bir yayında kişisel bir konuyu gündeme getirmelisiniz?

@Graham zaten mükemmel bir cevap verdi, bu da neden bağımsız doğrulama yaptırmanın gerekli ve arzu edildiğini açıklıyor. Daha önce bu "iş" içindeydim ve yaptığı tüm noktalar üzerinde hemfikirim. Benim alanım biyoinformatikti ve sadece yeni algoritmalar yayınlamakla kalmadık, aynı zamanda biyologların kullanması için buna dayalı yazılımlar da ürettik. Alanımızda, hepimizin kullanıcı olmasını istediğimiz için kaynak kodun yayınlanması yaygın bir uygulamadır. Bu nedenle performans karşılaştırması yaparken probleminiz olmadı. Ancak, @Graham'ın işaret ettiği diğer sorunu yaşadım. Gerçek performans iyileştirmelerinin çoğu, yayında basitçe bahsedilmeyen uygulamada yatmaktadır. Bu kasıtlı veya kasıtsız olabilir. Uygulama ayrıntılarından bazıları bilimsel bir katkı gibi görünmüyor ve dışarıda bırakılıyor. Ancak etkileri çok büyük olabilir. Karşılaştırmak istediğimiz bir yazılımın performansı bir zamanlar kafamızı karıştırmıştı. Bu nedenle kaynak kodunu analiz etmeye karar veriyoruz. Daha sonra yazarın bir işlevi uygulamak için çok akıllı bir yolu olduğunu ve bu da büyük miktarda zaman kazandırdığını anladık. Bu, alanımızda yaygın bir matematiksel fonksiyondur ve onun yaklaşımını görene kadar bu fonksiyonun nasıl uygulanması gerektiği oldukça açık görünmektedir. Onun tekniklerini yazılımımıza yeniden uyguladık ve harikalar olduğunu gördük.

Sonuçları, makalelerindeki algoritmanın açıklamasından yeniden üretebildiniz mi, yoksa alamadınız mı? Sorunuzda bu açıkça görülmüyor.

Cevabınız evet ise, makale tamamlanmıştır ve şikayet edilecek bir şey yoktur.

Değilse, evet, sadece ifade farklı olması gerektiği konusunda söylenecek bir şey var:

"Bu deneyleri tekrarladık, ancak yeniden oluşturamadık sonuçlar "

Bilimsel bir yayın olabilmesi için, makalenin deneyi tekrar etmeye yetecek kadar bilgi içermesi gerekir. Birden fazla bağımsız araştırmacı yeniden üretemezse yazarın başı belaya girer.